Curso previo

Análisis de enfermedades infecciosas desde un punto de vista epidemiológico

Profesoras: Diana Gómez Barroso y Rebeca Ramis Prieto, Instituto de Salud Carlos III.

Resumen: El curso se centra en una serie de contenidos generales relacionados con la investigación científica y el análisis de datos con R. En particular, se hará énfasis en la investigación reproducible. Así, el curso cubre la creación de documentos científicos con R, la creación de paquetes con rutinas en R y algunos temas de programación avanzada con R. El curso se plantea como una combinación de sesiones teóricas y prácticas con ordenador. Todo el material del curso estará disponible on-line.

Justificación: El uso de R Markdown es muy útil a la hora de documentar análisis de datos y de crear documentos dinámicos para automatizar análisis y hacer la investigación reproducible. La creación de paquetes con R permite, en primer lugar, organizar y documentar el código escrito y, en segundo lugar, compartir ese código de manera sencilla. El paquete devtools proporciona una serie de funciones para facilitar la creación de paquetes en R y simplificar el proceso de documentación del mismo. Por último, el apartado de programación avanzada abordará varios temas para mejorar el código en R, como vectorización de funciones, computación en paralelo (de manera sencilla), inclusión de test en los paquetes para detectar errores, etc.

Programa
9.30h.- Inicio del curso
• Introducción a datos epidemiológicos y conceptos

11.30h.- Pausa Café

12.00h a 14.00h.
• Práctica: cálculos de epis, geográficos, Rt y curvas

14.00h a 15.00h.- Pausa comida

15.00h a 17.00h.
• Clúster
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