Introducción

El R Markdown es un lenguaje marcado ligero que nos permite escribir informes que contengan código R.
El lenguaje Markdown suge con el objetivo de aligerar las marcas en los lenguajes Markup, principalmente el HTML, pero tambien el LaTeX.
Cualquiera debería poder leer y entender un documento Markdown visualizado en un editor de texto (sin procesar).
El R Markdown permite la introducción de tozos (chunks) de código $\textsf{R}$ que se pueden ejecutar dentro de la propia libreta, o en la salida en un documento .pdf, .html o .doc. Es además capaz de interpretar correctamente comandos HTML y LaTeX.

Mathematica, and the Future of the Research Paper

My plan was to distribute a PDF of the static output from one run of the notebook and to invite anyone who wanted to replicate its results to download the notebook and run it…

Paul Romer, premio Nobel de Economía, 2018.

Guión

Introducción

Qué se puede hacer
Cómo arrancar
Nos ponemos a escribir
El código
Las Matemáticas
Creando un documento

Referencias para ponerse en marcha

1. Qué se puede hacer (Ejemplos)

Se pueden crear (de un modo sencillo) presentaciones, informes, libros web,…

Curso de Probabilidad
Curso de Simulación
Post de un blog sobre programación (Coding Club UC3M)
Las prácticas de nuestros estudiantes en un formato sencillo y digno
Esta presentación

2. Cómo arrancar

Para escribir R Markdown necesitaremos un editor de texto y para renderizar los documentos necesitamos R con el paquete rmarkdown y todos los paquetes de los que depende.
Los ficheros R Markdown son ficheros de texto que se denominan con la extensión .Rmd. Podemos procesar estos ficheros con el comando render del paquete rmarkdown.
Una opción más sencilla es utilizar el R Studio, abrir con él el documento .Rmd y pinchar el botón knitr.

3. Nos ponemos a escribir

Cabecera

---
title: "El R Markdown para crear material docente: presentaciones, apuntes, libretas,..."
author: "Ignacio Cascos"
date: "2019"
output:
  beamer_presentation:
    colortheme: rose
    theme: Madrid
---

Alternativamente podemos poner como output pdf_document, html_document, word_document.

Cuerpo

La mayoría del documento es exactamente lo que escribimos (sin etiquetas)
Los saltos de línea se indican con una línea en blanco
Las cabeceras de secciones se indican con #, de subsecciones ##, …
Los textos en cursiva se escriben entre dos * (o entre dos _)
Los textos en negrita se escriben entre dos ** (o entre dos __)
Los textos en formato de computadora se escriben entre dos
Los hipervínculos se escriben con el texto a enlazar [] y justo a continuación la URL del enlace entre ()
Las imágenes comiezan con !, el texto alternativo se escribe entre [] y la ubicación de la imagen entre ()
Las citas se escriben a continuaci&oacute del símbolo >

La complejidad es tu enemiga. Cualquier tonto puede hacer algo complicado. Lo difícil es hacer algo simple. Richard Branson

Listas y tablas

Cada elemento de una lista va en una línea que comienza con * ó -
- Cada elemento de una lista anidada va identado y comienza con +

Escribimos listas numeradas comenzando con números (de 0. a 9.)
1. Crear tablas es muy sencillo

Jugador|Grand Slams      
---|---
Federer|20
Nadal|19

Jugador	Grand Slams
Federer	20
Nadal	19

4. El código

Lo más interesante del R Markdown es que permite introducir trozos de código R de un modo sencillo.

boxplot(decrease~treatment,data=OrchardSprays,
  log="y",xlab="treatment",ylab="decrease",col="lightblue")

Opciones del código

Podemos escribir código en una línea como r 2+2 cuyo resultado es 4.
Un trozo de código se escribe:
```
```{r chunk_name}
2+2
```
```
Podemos seleccionar opciones separadas por comas:
- echo=T (escribir el código en la salida)
- eval=T (ejecutar el código)
- include=F (ejecutar el código, pero no presentar la salida)
- out.width / out.height y alignment para salidas gráficas

5. Las Matemáticas

Escribimos Matemáticas con LaTeX y al crear el documento definitivo el ordenador interpreta correctamente los cambios al modo matemático ya sea a través de $, $$ ó \[ , \].

\begin{equation}
  f(x)=\frac{1}{\sqrt{2\pi}}e^{-x^2/2}
\end{equation}

\[\begin{equation} f(x)=\frac{1}{\sqrt{2\pi}}e^{-x^2/2} \end{equation}\]

6. Creando un documento

Ten R instalado en tu ordenador con el paquete rmarkdown (y aquellos de los que depende) y preferiblemente también el R Studio.
Ten instalado un compilador de LaTeX si quieres producir un documento .pdf.
Escribe la cabecera con el título, autor, fecha (y tipo de salida).
Escribe tu documento con secciones, fórmulas matemáticas y trozos de código. Procura que tu documento sea ligero, no abuses de los comandos LaTeX ni HTML.
Renderiza tu documento de vez en cuando, el R Markdown es MUY sensible y quisquilloso.
No desesperes y sigue depurando tu documento.

Referencias para ponerse en marcha

Xie Y., Allaire J.J., Grolemund, G. (2019) R Markdown: The Definitive Guide

Shalizi, C. (2016, Carnegie Mellon) Using R Markdownfor class reports

Johnson, P. (2019) R Markdown Basics

Hoja de referencia del R Markdown

El R Markdown para crear material docente: presentaciones, apuntes, libretas,…

Ignacio Cascos

2019